هدفها العمل على ضمان قيام السعودية بإدارة الحرمين والمواقع الإسلامية بطريقة سليمة صحيحة تحافظ على ماضي الإسلام وحاضره، وذلك من خلال تقديم النصح والمشورة للرياض عبر مجلس نصح إسلامي، وإشراك الدول المسلمين في إدارة المشاعر المقدسة.
كما تستهدف الهيئة وقف أشغال طمس الهوية الإسلامية في مكة والمدينة “والذي تقوم به السعودية بصورة محمومة من خلال التوسع العمراني الغير المحدود والذي قضى على الكثير من تلك المواقع، ومسح الوجود الإسلامي فيها”.
تهدف كذلك إلى منع استفراد السعودية بإدارة المشاعر المقدسة بما قد يؤثر على سلامة الحجاج والمعتمرين. وكذلك العمل على عدم إغلاق المشاعر “لأسباب غير مقنعة” مثل زيارة الشخصيات البارزة أو المشاهير أو ضيوف السعودية، بالإضافة إلى رصد أي انتهاك تتورط فيه السعودية بحق أي حاج أو معتمر لدى زيارته للمشاعر المقدسة، وكذلك الحرص على توزيع حصص الحج والعمرة على الدول المسلمة بشكل عادل لا محاباة فيه ولا وساطة.
